序章、第一二章的主要内容：罗德岛为了唤醒博士，潜入了切尔诺伯格城。在救到博士后的撤退途中，整合运动领袖带领各干部现身，围追堵截并试图剿灭罗德岛众人。ACE为了救援大家选择殿后牺牲，博士成功脱险。之后罗德岛众人来到了龙门，协助搜查感染者：米莎，但却和潜伏进来的整合运动发生了冲突。
第三章的主要内容：罗德岛与龙门近卫局联手，追击整合运动希望夺回米莎。米莎碎骨相认后，碎骨却死在了阿米娅手上。米莎化身新的碎骨加入整合运动，死在了龙门近卫局手中。
阿米娅和陈的会和点
3-1：会和
米莎被一个红衣服的女人夺走了。阿米娅愤怒地质问陈原因，并要求双方进行情报共享。陈告知阿米娅，米莎的父亲是切尔诺伯格的一名重要人物。龙门和整合运动双方之所以激烈争夺米莎，也正因为此：想获取更多关于切城的情报。
另一方面，整合运动也被龙门击溃，但在撤退途中，却有一个感染者独立拖住了整个近卫局的驰援部队。在不久前，刑讯科曾抓到过浮士德，但并未问出任何有效的信息。在商议后，陈和阿米娅决定联合作战夺回米莎，由近卫局主攻，由罗德岛负责侦测和突袭。随后，罗德岛再次联系上了企鹅物流，请求他们前来协助侦测。
被抓到的浮士德
会和解析：这一章的主要信息是揭露了龙门和整合运动执着于米莎的原因，因为她父亲是切城的重要人物，手中有着“石棺”的信息。另一个趣味信息则是浮士德曾经被龙门抓到过，还被刑讯科审问了一番。这也为他之后在第五章中埋伏近卫局众人埋下了伏笔：浮士德其实一直潜伏在龙门之中。
3-2：记忆
龙门近卫局的星熊，赶来与众人会和。会师后的众人，沿着整合运动撤退路线继续追击。另一方面，米莎和碎骨见面了，米莎在第一时间认出碎骨就是她失踪已久的弟弟：亚历克斯。
米莎和弟弟碎骨相认
随后碎骨讲述了两人悲惨的过去，以及他被抓走时的感受：“血拖了一地”。米莎恨自己软弱，当时没敢站出来，碎骨却表示理解她的选择。紧接着，碎骨向她诉说了整合运动存在的真正意义：“整合运动，一定会为了感染者的自由战斗到底。”
再回到罗德岛这边，企鹅物流的能天使和德克萨斯已经赶到，开始拔除整合运动岗哨。
记忆解析：这一章的剧情其实在各大影视作品中都不少见，比如英剧《九号秘事》中的第一集“沙丁鱼罐头”，讲述的也是类似的悲惨童年：兄妹俩中的一人遭到迫害，另一人眼看着惨案发生，但却因为软弱丝毫不敢出声。正因为故事似曾相识，所以在角色形象的带入上，大家也能理解他们的人设：碎骨是遭到迫害者，所以满心都是复仇、屠杀、以眼还眼。米莎是软弱者，她目睹了一切的发生，所以心中满是愧疚、想要弥补，也为后文她的变化作了铺垫。
在另一方面，也从整合运动成员的眼中看到了感染者和普通人的隔阂，他们始终敌对、无法共存，这也是整合运动的意义：守护感染者、为自由战斗到底。
整合运动据点的外围
3-3：回旋
企鹅物流的能天使和德克萨斯，边打边贫嘴，轻松写意地击杀了二三十个整合运动成员，成功清扫了整合运动的外围据点。但同时她们闹出的动静也吸引来了整合运动的大部队，两人开始撤退，转移敌人的主要火力。
阿米娅设伏
接到了企鹅物流传讯的阿米娅，得知敌人大部队的行进动向之后，开始着手布置芙兰卡、雷蛇等人进行埋伏，准备突袭整合运动。
另一方面，碎骨正在教米莎使用她的武器，他感受到了米莎身上隐藏的能力，确信她也可以完全掌握他独特的源石技艺：引爆。当发现米莎确实能做到这些时，碎骨终于也完全放下了戒心：米莎就是他的姐姐。此时，整合运动成员前来报告说罗德岛进行了突袭。米莎想去和谈，她认为“罗德岛一定会帮助感染者的”，这令碎骨非常生气，他认为罗德岛是感染者的叛徒，是屠杀同胞的凶手。
整合运动W出现
整合运动干部W出现。碎骨拜托W保护好米莎，让自己面对罗德岛。但W却为他提供了更好地方案：杀掉博士，就可以废掉罗德岛的大脑、瘫痪罗德岛的部署。她表示自己将把罗德岛众人引入包围圈，让碎骨在其中设伏。
回旋解析：回旋即指企鹅物流两人“绕来绕去地行动”，同时又指整合运动对于罗德岛的伏击中“留有余地”，反而为他们创造了反伏击“将计就计”的空间。碎骨教授米莎源石技艺的这一段剧情，相当于精神的传承。这里还有一个细节就是“起雾了”，上面放的背景图其实跟文章开头的背景图是同一个地方，只不过开头是色彩鲜艳的战场，到了此刻的建筑物和环境却模糊了。
3-4：龟裂
星熊等人识破了整合运动的意图，龙门近卫局的陈决定留下星熊，帮助支援罗德岛，自己则带人去了另一个方位。部署方面，阿米娅让芙兰卡和雷蛇迂回到设伏地的侧面，让企鹅物流的能天使控制战场制高点。（究竟谁是博士...）
整合运动随之发动了进攻，其中有萨卡兹人大块头。在击退整合运动之后，众人反而感觉有一些不对劲。突然，碎骨从地下发动了爆炸奇袭，但却被星熊的般若盾挡住，化险为夷。
碎骨引爆法杖
碎骨并未放弃，使出全力用来引爆魔杖，目标击杀博士。在千钧一发之际，阿米娅的精神爆发，不仅使用屏障保护了博士，同时也杀死了碎骨。
阿米娅击杀碎骨
碎骨在死前感受到了阿米娅强大的力量，反而令他更加愤恨：“你明明有着这么强大的力量，却甘愿看着同胞们受苦”。碎骨随之死去，这发生的一切都被米莎看到了。
龟裂解析：这一章节名龟裂，指的是米莎和罗德岛之间的信赖龟裂。不过这一章所长真的是要吐槽一下，明明是碎骨掌握了一切。他的爆炸设伏成功了（却被完全没想到的星熊挡下），随后他更是孤注一掷，使出全力引爆法杖准备击杀博士（却被阿米娅直接反杀），完全是死在了设定上，不讲道理。不过也有值得注意的点，就是下图中，阿米娅击杀碎骨时的样子：源石技艺幻化出的剑。
阿米娅的源石长剑
这是从未见过的能力，在第一章中阿米娅曾经使出过屏障、精神爆发、封印法术等手段，但这一次出现的完全实体化的黑色源石长剑，还是首次见到。一方体现了阿米娅对于自身力量的掌控实在是不足，另一方面，阿米娅的真正实力和身份，是一个等待鹰角去填补的设定大坑。
3-5：呼叫
星熊通过卫星通讯，通知了龙门近卫局W的踪迹。同时，阿米娅因为失手击杀碎骨而陷入了深深的自责，博士成功安慰了阿米娅。这时，碎骨的残部折返回了战场，他们奋不顾身地发动进攻，想抢回碎骨的尸体。星熊不明白他们的目的，架盾组织起了防御不让他们前进。突然，W偷袭了星熊，并用爆炸和炸弹压制了她。
W偷袭并压制星熊
罗德岛击退了整合运动成员，同时陈警官及时赶到。W见势准备撤退，临走扔给了交给阿米娅一个电话，随后使用闪光弹逃脱。电话的那一头是米莎，她告诉阿米娅自己决定偿还自己当初不管不顾的罪孽，决定加入整合运动。
碎骨和米莎
呼叫解析：碎骨残部的整合运动成员，拼死去抢回他的尸体，他们的有情有义令人落泪。正如米莎所言：“错的，终究只是感染者这个身份而已。”这是米莎下定决心蜕变的一章。
3-6：决定
陈告诉阿米娅，她获得的情报是整合运动众人，包括米莎和W都躲进了一个矿坑。罗德岛和近卫局商议后决定，由近卫局在矿坑外布防，由星熊和罗德岛各率一支队伍突击，希望从整合运动手中抢回米莎。
另一方面，碎骨的残部感谢W的帮助，掩护他们夺回了碎骨的尸体。但是他们怕实体被米莎看到。作为对W的回报，他们愿意掩护W撤退，带走米莎。W希望带走米莎，却被拒绝强令离开。随后，米莎变成第二个碎骨。
米莎变成了第二个碎骨
决定解析：这一章其实是承接上文，让米莎由心态上的身份转变，彻底落实到了形态的转变。，米莎就是碎骨。未来的世上，碎骨依旧活着，但却再也没有人叫做米莎了。
3-7：轰鸣
罗德岛和龙门近卫局胜利会师，继续压制整合运动。但就在此时，碎骨突然现身战场，这让整合运动的士气大振。“这就是个奇迹！”
二次呼吸
新出现的碎骨告诉兴奋的整合运动众人，由自己殿后，让整合运动队员撤走。但提议被拒绝了，他们要与碎骨一起战斗。目睹这一切的阿米娅，逐渐猜到了真相，不敢相信双眼的她无比难受。同时，陈命令近卫局缩小包围圈，准备彻底歼灭整合运动。
轰鸣解析：其实这一话的名字，就应该是整个第三章的标题“二次呼吸”，意为已经死去的碎骨拥有了第二次的呼吸，“活”了过来。另外，比较有意思的是芙兰卡和雷蛇的对话，当她们看到横冲直撞的星熊时，表示想起了一个罗德岛的人。这个人是谁呢？就是我们在第五章出现、第六章落地的煌。没想到吧，第三章其实就在暗示了。
雷蛇和芙兰卡的对话
3-8：黄昏
战斗陷入胶着，近卫局和整合运动各不相让，激战正酣。阿米娅面对新的碎骨，犹豫不决。陈看出阿米娅无法动手，决定让龙门近卫局结束战斗，杀死了米莎。
米莎被击败
米莎之死的阿米娅迷茫，“罗德岛做的这一切，真的是对的吗？”她即想消灭矿石病，也想消灭普通人和感染者之间的仇恨。但陈却告诉阿米娅，她需要做出自己的选择，然后去承担自己选择所对应的后果。远处，W看完这一切，悄然退去。
黄昏解析：这里有比较有意思的一点，大家如果注意观察的话，会发现从这里开始碎骨的立绘是有改变的，尤其是腿部。所长放张图给大家感受一下：
新的碎骨
所以暗示已经极其明显了：这就是米莎。第八话讨论的话题相对比较深刻，也说明了阿米娅思想上的一些不切实际。“消灭矿石病”、“保护罗德岛”、“接纳感染者”、“消除正常人和感染者之间的仇恨”，她每一样都想做到。但是阿米娅也好，罗德岛也罢，和龙门近卫局一样，终究能做到的只有一件事情，需要做出自己的选择。
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